При проблеме с драйвером USB Jungo AVR Studio (и версии 4.19, и версии 5) не может подключиться через USB ни к AVR JTAGICE mkII [2], ни к AVRISP mkII [3]. Причем через COM-порт соединение с JTAGICE mkII работает нормально.

В среде AVR Studio 4.19 это выглядит так, что система не видит любой программатор, подключенный через USB. Несмотря на то, что программатор (или JTAGICE mkII, или AVRISP mkII) подключен к компьютеру по USB, и нормально виден в Диспетчере Устройств, утилита программирования AVR Studio все-таки не видит программатор. При попытке подключения к программатору через несколько секунд ожидания снова появляется окно Connect Failed - Select AVR Programmer.

В среде AVR Studio 5 утилита программирования видит подключенный через USB программатор, но при попытке подключения к нему выдает ошибку:

При этом в окошко Output выводятся следующие сообщения:

03:58:00.375: [ERROR] Unable to connect to tool context: 'Atmel.VsIde.AvrStudio.Services.TargetService.TCF.Internal.Services.Remote.ToolProxy+ToolContext'.
# USB driver initialization failed with error 0x20000007.
04:03:30.328: [WARNING] TCF command: Tool:connect timed out
04:03:41.984: [ERROR] Tool:connect:Timed Out Code:0 ,Service: ,Message from peer:
04:04:01.984: [WARNING] TCF command: Tool:tearDownTool timed out
04:04:03.546: [ERROR] Tool:tearDownTool:Timed Out Code:0 ,Service: ,Message from peer:
04:03:41.984: [ERROR] Unable to connect to tool context: 'Atmel.VsIde.AvrStudio.Services.TargetService.TCF.Internal.Services.Remote.ToolProxy+ToolContext'.
# USB driver initialization failed with error 0x20000007.
04:04:10.328: [WARNING] TCF command: Tool:connect timed out before reply was received
04:04:10.328: [WARNING] TCF command: Tool:tearDownTool timed out before reply was received

Эта проблема связана с драйвером USB Jungo, когда он некорректно установлен. У меня такая ситуация с драйвером Jungo возникла после мягкой (поверх) переустановки Windows, когда менял материнскую плату [1]. Проблема решается полным удалением старой версии драйверов Jungo, чисткой реестра (удаление старых ссылок на определившиеся через USB программаторы) и полной переустановкой AVR Studio 4.19 и AVR Studio 5. Процесс по шагам (Windows XP SP3):

1. Отключите программатор (или JTAGICE mkII, или AVRISP mkII) от USB.

2. Запустите regedit, зайдите в раздел (ветвь, папка) реестра HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Enum\USB.

3. Удалите в этом разделе записи, относящиеся к Вашему программатору. Например, для JTAGICE mkII это может быть папка Vid_03eb&Pid_2103, а для AVRISP mkII папка Vid_03eb&Pid_2104. Удалите эти папки, остальные не трогайте.

4. При удалении папки (раздела) реестра может возникнуть ошибка типа "Не удается удалить Vid_03eb&Pid_2103. Ошибка при удалении раздела.". Это происходит из-за того, что в разрешениях на этот раздел реестра отсутствует право на удаление. 

Для того, чтобы удалить раздел, сначала нажмите на нем правую кнопку мыши и выберите "Разрешения...". В окне "Группы или пользователи" выберите Все, поставьте галочку Полный доступ, и нажмите кнопку OK. После этого раздел можно без проблем удалить.

5. Удалите все установленные у Вас версии AVR Studio. Это делается через инструмент Панели Управления "Установка и удаление программ". Не забудьте также удалить AVR Jungo USB.

6. Установите заново AVR Studio 4.19 и AVR Studio 5. Внимание, это важно: в процессе установки не должны быть подключены по USB ни JTAGICE mkII, ни AVRISP mkII! В процессе инсталляции в операционную систему будут скопированы и установлены драйвера USB Jungo.

7. После окончания установки подключите Ваш программатор по USB, система найдет новое устройство и Мастер установки драйвера запросит его местоположение. Выберите не искать драйвер в Интернете и далее автоматический поиск драйвера, после чего для Вашего программатора будет автоматически найден и установлен драйвер, и программатор появится в Диспетчере Устройств.

На этом процедура восстановления работоспособности драйвера USB Jungo завершена, и Ваши программаторы смогут без проблем работать с AVR Studio.

[Ссылки]

1. Перенос Windows XP на новое железо (без переустановки).
2. Atmel AVR JTAGICE mkII.
3. AVR-USB162MU: макетирование и изготовление программатора AVRISP-MKII в домашних условиях.