В общем случае для настройки используются 2 команды: dhclient (настроить интерфейс или интерфейсы по DHCP, без опций не запускайте, а то порушите у себя всю сеть, см. подробнее здесь) и ifconfig (настройка параметров сети вручную). Что касаемо сохранения настроек, то каждая из операционных систем *nix имеет свои особенности.

[RedHat Linux]
    Фиксированная настройка (которая обеспечивает сохранение настроек при перезагрузке) запоминается в файлах
/etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-имя_интN
/etc/sysconfig/networking/devices/ifcfg-имя_интN
/etc/sysconfig/networking/profiles/default/ifcfg-имя_интN
    Здесь имя_интN - имя интерфейса, например eth0. Эти файлы взаимосвязаны - изменение любого из них приводит с изменению других. Вот пример конфигурации, записанной в файле /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 (настройки IP и маски выделены жирным шрифтом):
DEVICE=eth0
BOOTPROTO=none
HWADDR=00:C0:DF:0B:1D:08
ONBOOT=yes
TYPE=Ethernet
NETMASK=255.255.0.0
IPADDR=192.168.11.111
USERCTL=no
IPV6INIT=no
PEERDNS=yes
GATEWAY=192.168.0.45

После смены настроек можно их применить без перезагрузки. Для этого выполняем команду:
# /etc/init.d/network restart

[FreeBSD]
    Здесь настройки (как для фиксированного адреса, так и для получения по DHCP) хранятся в файле /etc/rc.conf. Вот приемер такого файла (настройки IP и маски выделены жирным шрифтом):
ifconfig_fxp1="inet 192.168.7.254 netmask 255.255.255.0"
ifconfig_fxp0="DHCP"
sshd_enable="YES"
tcp_extensions="YES"
hostname="myhost.mydomain.ru"
mpd_enable="YES"
ipnat_enable="YES"
static_routes="localnet dns1 dns2 vpnpptp01 vpnpptp02 vpnpptp03 vpnl2tp01 ftpcorbina"
route_localnet="-net 10.0.0.0 -netmask 255.0.0.0 10.160.96.1"
route_dns1="213.234.192.8 10.160.96.1"
route_dns2="85.21.192.3 10.160.96.1"
route_vpnpptp01="85.21.0.15 10.160.96.1"
route_vpnpptp02="85.21.0.41 10.160.96.1"
route_vpnpptp03="85.21.0.51 10.160.96.1"
route_vpnl2tp01="85.21.0.254 10.160.96.1"
route_ftpcorbina="195.14.50.21 10.160.96.1"
dhcpd_enable="YES"
# disable copyright message:
dhcpd_flags="-q"
dhcpd_ifaces="fxp1"
named_enable="YES"
ftpd_enable="YES"
ftpd_flags="-D -l"
ddclient_enable="YES"

См. также:
Опции команды ifconfig
Автоматическое получение настроек сети по DHCP
Linux: конфигурационные файлы, или где хранятся настройки