Делается достаточно просто с помощью утилиты flashnul.exe. Скачать можно совершенно свободно с исходниками здесь: http://shounen.ru/soft/flashnul/. На этом же сайте есть прекрасные обзоры аниме, но мы сейчас говорим, к сожалению, не об этом.

Утилита работает точно так же, как и команда dd в мире xNIX, только синтаксис командной строки другой. Подсказка по командной строке выводится, если запустить программу без параметров, а также в архиве есть подробный файл справки на русском - readme.rus.html. Программа мне очень понравилась, я тестировал с помощью неё самопальные USB MSD на ARM чипе AT91SAM7X256 - однозначный must have для админа. Клонировать можно не только флешки, но и любые диски. Пример клонирования флешки:

1. Сначала делаем образ (считываем все данные с флешки):
flashnul.exe F: -S образ-флешки-F.bin
2. Заливаем данные обратно на флешку:
flashnul.exe F: -L образ-флешки-F.bin

[Ссылки]
1. Сайт программы flashnul.
2. Обсуждение программы flashnul на форуме IXBT.
3. ASPLinux: как клонировать USB-флешку.