Команда attrib убирает атрибуты "скрытый" и "системный" на файлах, которые нужно удалить (в данном примере Thumbs.db и ZbThumbnail.info), во всех подкаталогах диска. Далее уже работает команда del, которая удаляет эти файлы во всех подкаталогах. Ключ /F позволяет удалять также файлы, у которых атрибут "только чтение".

set disk=c
attrib -H -S /S %disk%:\Thumbs.db
del /F /S /Q %disk%:\Thumbs.db
attrib -H -S /S %disk%:\ZbThumbnail.info
del /F /S /Q %disk%:\ZbThumbnail.info
attrib -H -S /S %disk%:\_desktop.ini
del /F /S /Q %disk%:\_desktop.ini

set disk=d
attrib -H -S /S %disk%:\Thumbs.db
del /F /S /Q %disk%:\Thumbs.db
attrib -H -S /S %disk%:\ZbThumbnail.info
del /F /S /Q %disk%:\ZbThumbnail.info
attrib -H -S /S %disk%:\_desktop.ini
del /F /S /Q %disk%:\_desktop.ini

set disk=e
attrib -H -S /S %disk%:\Thumbs.db
del /F /S /Q %disk%:\Thumbs.db
attrib -H -S /S %disk%:\ZbThumbnail.info
del /F /S /Q %disk%:\ZbThumbnail.info
attrib -H -S /S %disk%:\_desktop.ini
del /F /S /Q %disk%:\_desktop.ini