Отличное средство для ручного (GUI) обмена файлами с *nix машинами через SSH.

http://wincmd.ru/plugring/sftp4tc.html, freeware. Внимание! Этот плагин без putty и настренных ssh-сессий в ней не работает, поэтому заранее надо позаботиться об скачке и установке putty (предположим, что putty у Вас уже есть и настроенные ssh-сессии тоже). Плагин скачиваем, ставим (просто зайдя в Total Commander в скачанный файл wfx_sftp_1_3_60_3_base_bin.zip). После установки плагина в Network Neighborhood Total Commander (\\My Network Places\*.*) появится строчка [Secure FTP connections]. Заходим туда, и видим настроенные в putty сессии. Заходим в нужную сессию, вводим логин и пароль  и - о чудо! - видим все папки FreeBSD. Ваши права на манипуляции с файлами зависят от прав пользователя, под которым Вы зашли. Пользователь root имеет все права, в том числе и на удаление файлов и создание и удаление папок.