1. Компилирование проекта может происходить в двух режимах: Release и Debug. Какой режим будет использоваться, выбирают через Build\Set Active Configuration... и далее выбирают нужную конфигурацию, соответствующую Release и Debug. По умолчанию имеются 2 конфигурации (Release и Debug). Можно их редактировать с помощью Project\Settings..., а удалять конфигурации и создавать новые с помощью Build\Configurations...

2. Пустое приложение минимального размера можно создать через File\New...\закладка Projects\Win32 Application, далее выбрать "A simple Win32 application". Это приложение даже не имеет цикла обработки сообщений и не создаёт окно (сразу завершает работу после запуска). Пустое приложение с циклом обработки сообщений и окном лучше создать, если выбрать "A typical "Hello World!" application". Далее лучше убрать в ресурсах из раздела Dialog окно диалога About, удалить все в разделе Accelerator, удалить все в разделе меню. Затем в исходном тексте проекта (*.cpp) нужно удалить процедуру About (не забыть и декларацию её), а также в процедуре WndProc убрать 3 строчки, начинающиеся с "case IDM_ABOUT:".

3. Ресурсы в приложение добавляются через Insert\Resource... - можно выбрать один из редакторов (иконки, меню, строки) либо импортировать уже имеющиеся ресурсы (кнопка Import...). В проект ресурс можно добавить через View\Workspace (откроется слева окошко просмотрщика проекта), далее внизу закладка FileView, правая кнопка на папке Resource Files, выбираем Add Files to Folder...

4. В папке проекта есть папки Debug и Release, которые можно свободно удалять. Они содержат откомпилированные файлы проекта.