1. Первой мыслью было увеличить предел выделения памяти в php.ini. Однако увеличение ни до 512M (установка memory_limit = 512M), ни даже отключение лимита (memory_limit = -1) не помогли.
2. Попытка исправления таблиц запуском команд mysqlcheck и mysql_upgrade, все они завершались успешно, но ошибка оставалась.
mysqlcheck --check-upgrade --all-databases --auto-repair -u root -p
mysql_upgrade --force -u root -p