Просто так копировать проект IAR из одной папки в другую нельзя, потому что в настройках проекта могут сохраниться все абсолютные пути до файлов.

Поэтому ничего удивительного, что у тебя редактировались и компилировались совсем не те файлы, что ты ожидал. Радует только одно - все системные файлы IAR имеют простой текстовый формат, и легко правятся текстовым редактором. Поэтому, первое, что ты должен был сделать при копировании проекта №1 в проект №2 - исправить все абсолютные пути в файлах проекта (*.dep, *.ewd, *.ewp, *.eww), а проект №1 удалить (это полностью исключает случай, когда в новом проекте будут использоваться не те файлы, которые ожидались). Можно облегчить себе жизнь, если использовать в файлах и в настройках проекта макропеременные типа $TOOLKIT_DIR$ (папка avr в рабочей папке IAR), $EW_DIR$ (рабочая папка IAR), $PROJ_DIR$ (папка, где лежит файл проекта *.ewp) и т. п.