Основные настройки системы располагаются в /etc/rc.conf - например, имя машины, использование DHCP, тип мыши. Изначально этот файл очень маленький - большинство установок берется из /etc/defaults/rc.conf - файла установок по умолчанию. Администратор должен сделать записи в rc.conf, чтобы переопределить строки по умолчанию из /etc/defaults/rc.conf (непосредственно /etc/defaults/rc.conf редактировать нельзя).

В файле /boot/device.hints находятся настройки оборудования, которые FreeBSD применяет при загрузке (номера прерываний, диапазон портов и проч.).  

Файлы конфигурации приложений обычно устанавливаются в /usr/local/etc. В случае, если приложению нужно большое количество конфигурационных файлов, для их хранения будет создан подкаталог. Обычно, вместе с установкой портов и пакетов, устанавливаются и примеры конфигурационных файлов. Обычно они имеют расширение .default.  Если не существует конфигурационных файлов для этого приложения, они будут созданы путём копирования .default файлов.

Также автонастройка производится скриптами, которые находятся в каталоге /usr/local/etc/rc.d (они запускаются при старте системы). Каталог прописан в строке local startup="/usr/local/etc/rc.d" файла /etc/rc.conf.