Чаще всего использую 2 способа настройки автоматически запускаемых приложений.

[Простой способ]

Подходит не для всех приложений, потому что автозапуск редактируется под обычным пользователем: Пуск -> Автозагрузка приложений (можно найти через поиск) -> переставить переключатели.

[Под администратором]

Удобнее всего управлять автозагрузкой с помощью утилиты Autoruns for Windows v13.98, автор Марк Руссинович [1]. Скачайте архив Autoruns.zip, создайте отдельный каталог в папке Program Files, и распакуйте содержимое архива в этот каталог, создайте ярлык для Autoruns.exe. Запускайте с правами администратора.

У Autoruns очень большие возможности по настройке. Можно даже сохранить текущее состояние автозагрузки в файл *.arn.

[Ссылки]

1. Autoruns for Windows v13.98 site:microsoft.com.