В Windows 2000 отконвертировать диск FAT32 в NTFS без потери данных можно с помощью команды:

CONVERT том: /FS:NTFS [/V]

Преобразование произойдёт при следующей перезагрузке. Потери информации при этом не будет, но нужно иметь в виду, что размер кластера после конвертации составит 512 байт, что не очень хорошо на больших разделах, кроме того, диск после конвертации будет сильно фрагментирован.
Обратное преобразование (NTFS –> FAT) без потери данных штатными средствами Windows 2000 невозможно, потребуется отформатировать раздел заново. Однако это преобразование (как и FAT –> NTFS) позволяет программа Partition Magic, она даже может менять размер кластера (к сожалению, только на FAT16 и FAT32). Под Windows 2000 она нормально работает, начиная с версии 6.0, а если использовать только загрузочную дискету, то подойдёт и версия 5.01. Partition Magic не работает с динамическими дисками, только с основными.

Конвертируя файловую систему, учтите, что сконвертированная файловая система — это далеко не то же самое, что поставленная изначально. И дело даже не в размере кластера, что хоть и неприятно, но вполне можно пережить, а в том, что права доступа на сконвертированной NTFS не выставлены, что в некоторых случаях неприемлемо.

Для того, чтобы установить права доступа к файлам (security permissions) на значения по умолчанию для NTFS, зайдите в систему под аккаунтом администратора и введите в командной строке для версии Professional:

secedit /configure /db c:\winnt\temp\temp.mdb /Cfg %Windir%\inf\defltwk.inf /areas filestore

для версии Server:

secedit /configure /db c:\winnt\temp\tmp.mdb /Cfg %Windir%\inf\defltsv.inf /areas filestore

Данная процедура затронет все папки из %Windir% и "Program Files", а для папки "Documents and Settings" всё же придётся выставлять права доступа вручную.

Замечание: после выполнения команды вы можете получить сообщение о том, что задача выполнена, но часть файлов отсутствует и для них операция не применима.