После установки AVR Studio 4 по умолчанию консольный программатор jtagiceii.exe находится в папке c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII.

Вот примеры использования (эмулятор JTAGICE mkII подключен к компьютеру через USB, а программируемое устройство через стандартный ISP 6-выводный коннектор [1]):

1. Программирование памяти flash (-pf) микроконтроллера ATMega16 (-d) в режиме ISP (-mi) файлом main.hex (-if), с предварительным стиранием (-e):

"c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\jtagiceii.exe" -d ATmega16 -e -mi -pf -if main.hex

2. Программирование fuses (-f) микроконтроллера ATMega16 (-d) в режиме ISP (-mi), с предварительным стиранием (-e). Значение fuses указывается в виде слова 0x09ff, где 09h - старший байт (Fuse high byte), а 0xff - младший байт (Fuse low byte).

"c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\jtagiceii.exe" -d ATmega16 -e -mi -f 0x09ff

3. Прочитать значение fuses:

"c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\jtagiceii.exe" -q -d ATmega16 -mi

[Возможные проблемы]

1. c:\>"c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\jtagiceii.exe" -d ATtiny45 -e -mi -pf -if default\Haunted-USB.hex
jtagiceii.exe v1.2.5 Copyright (C) Atmel Corporation 2004-2006
SetDevice - Client: Answer ID was unexpected
c:\>"c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\jta
giceii.exe" -d ATtiny45 -f 0xDFC1 -E 0xFF
jtagiceii.exe v1.2.5 Copyright (C) Atmel Corporation 2004-2006
SetDevice - Client: Answer ID was unexpected

Причина - отсутствие питания на программируемом устройстве (нужно отдельно запитывать программируемое устройство, так как через 6-контактный ISP-коннектор от программатора JTAGICE mkII питание не подается).

2. Утилита jtagiceii.exe не видит программатор, подключенный через USB - "Failed to enter programming mode". Однако в Диспетчере Устройств есть устройство Jungo -> JTAGICE mkII. На верхней стороне JTAGICE mkII горят красный и желтый светодиоды.

Причина - возможно произошло неудачное обновление firmware JTAGICE mkII (upgrade или downgrade). Воспользуйтесь ручным обновлением firmware, для чего зайдите в AVR Studio, и в меню Tools выберите JTAGICE mkII Upgrade...

3. Утилита jtagiceii.exe не может записать подключенный через ISP микроконтроллер - "Programming FLASH: 100.0% Failed to write FLASH memory to target.".

Причина - неверно выбрана частота (скорость) интерфейса ISP. Наверное, Ваш микроконтроллер по умолчанию работает частоте 1 МГц (внутренний генератор с делителем на 8), но частота программирования выбрана слишком высокой (250 кГц или более). Установите частоту ISP интерфейса 125 кГц или ниже, например (частота 125000 Гц указана опцией -I 125000):

"c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII\jtagiceii.exe" -I 125000 -d ATmega32 -mi

После смены частоты ISP она запомнится во внутренней памяти JTAGICE mkII, и во всех последующих сессиях программирования будет использоваться именно такая - 125 кГц.

[Ссылки]

1. Цоколевки коннекторов ISP.
2. 130309jtagiceii-exe-use-example.zip - пример программирования микроконтроллера ATmega32A с помощью консольной программы jtagiceii.exe.
3. HappyJTAG: простой интерфейс JTAG для AVR.
4. HappyJTAG2: JTAG и ISP для AVR.