Для меня это было новостью - оказывается, нужно лучше читать документацию! По возможностям программирования чипа эти 2 интерфейса - ISP и ITAG - полностью дублируют друг друга, хотя предназначены для разных целей (ISP - для программирования чипа на плате, JTAG - для отладки программ в реальном времени с помощью эмулятора).

Через JTAG можно также легко, как и через ISP, программировать как память программ, так и перемычки, если, конечно, Ваш программатор поддерживает интерфейс JTAG (я надеюсь, что это так. Мой JTAGICE mkII это поддерживает). Когда я этого не знал, приходилось ставить на макетную плату 2 разъема (ISP и JTAG), тратить на это ценные порты микроконтроллера, да еще перетыкать разъемы, когда переключаешься между отладкой и программированием кристалла. Ура! Теперь можно забыть об этом - для макетной платы можно оставить только разъем JTAG, а для оконечного устройства достаточно ISP. Не настолько удобно, как debugWIRE, но уже намного лучше.

В среде AVR Studio тип интерфейса с программируемым кристаллом (ISP или JTAG) у программатора выбирается в соответствующем выпадающем списке на закладке Main окна программы-программатора:
 
Для консольного программатора jtagiceii.exe (обычно находится в папке c:\Program Files\Atmel\AVR Tools\JTAGICEmkII) тип интерфейса с программируемым кристаллом (ISP или JTAG) выбирает опция -mi (используется ISP) или -mj (используется JTAG).

[Ссылки]

1. Цоколевки коннекторов ISP.
2. Цоколевка интерфейсов JTAG.
3. Консольный программатор для JTAGICE mkII (jtagiceii.exe).
4. Стандартный переходник между JTAGICE mkII и программируемым устройством.
5. Программаторы для AVR.
6. HappyJTAG: простой интерфейс JTAG для AVR.
7. HappyJTAG2: JTAG и ISP для AVR.