При старте отладки с помощью JTAGICE mkII в микроконтроллерах AVR может портиться EEPROM, что неприятно, если в ней хранится полезная информация. Такое поведение можно изменить, и в статье описано, как это сделать.

Процесс по шагам:

1. Временно меняем тип платформы отладчика на симулятор (меню Debug -> Select Platform and Device... -> Debug platform: выбираем AVR Simulator, жмем Finish).

2. Возвращаем платформу отладчика на JTAGICE mkII таким же способом, но ставим при этом галочку "Open platform options".

3. Запускаем отладку (меню Debug -> Start Debugging). Появится окно опций отладчика. Идем на закладку Debug и ставим там галочку "Preserve EEPROM contents when reprogramming device". Жмем ОК.

После этой процедуры память EEPROM портиться при старте отладки не будет.