objcopy --input-target=ihex --output-target=binary code00.hex code00.bin

Обратное преобразование можно сделать с помощью утилиты xxd [3].

[Ссылки]

1. Converting from *.hex to *.bin for ARM on Linux site:stackoverflow.com.
2. Intel HEX: описание формата файла.
3. man xxd (1).