Обычно для этого дотаточно в макропеременную LDFLAGS файла Makefile добавить опцию -Map с указанием имени файла, например:

LDFLAGS = -Map ./output/mcu.map

[Ссылки]

1. Как передавать линкеру опции через командную строку компилятора avr-gcc.
2. Магия makefile на простых примерах.