Существует несколько способов, в зависимости от имеющегося у Вас оборудования.

[ST-Link, J-Link]

ST-LINK Utility. Если у Вас есть отладчик, то можно воспользоваться утилитой STM32 ST-LINK, см. скриншот.

IAR. В среде разработки IAR при наличии отладчика можно воспользоваться пунктом меню Project -> Download ->  Download file..., это позволяет прошить в память микроконтроллера HEX-файл.

[USART, CAN, I2C]

Если воспользоваться встроенным в STM32 загрузчиком [1], то с помощью бесплатной утилиты STMFlashLoader Demo [2] можно также загрузить HEX-файл в память микроконтроллера.

[Ссылки]

1. Загрузчик STM32F42xxx и STM32F43xxx.
2. STMFlashLoader Demo.