У ARM организован процесс отладки не так просто, как у AVR, поэтому не удивляйтесь, что Ваш "Hello World!" хорошо работает в симуляторе, а на отладочной плате глючит, не запускается, не работают точки останова и т. д. Дело в том, что для работы отладчика с MT-LINK нужны специальные настроечные макросы и инициализационный код для процессора. Поэтому других вариантов практически нет, кроме как взять один из примеров от IAR (ищите в папке c:\Program Files\IAR Systems\Embedded Workbench 5.0 Evaluation\ARM\examples\).

Если коротко, что нужно сделать следующее:

1. Поставить драйвера для SEGGER J-LINK.
2. Накатить лицензии (ключевое слово для поиска в Интернете - rdikeygen).
3. Загрузить в IAR любой пример из тех, что идут в пакете IAR Embedded Workbench for ARM (далее просто IAR EW ARM или IAR) для платы AT91SAM7X-EK от Atmel, не забыть поставить тип драйвера отладчика J-Link/J-Trace или RDI.
4. Не забыть подключить (если Вы делаете проект с нуля) или настроить (если Вы корячите примерчик, приспосабливая его под свой проект) код начальной инициализации процессора ARM (Cstartup).

[Установка драйверов RDI для J-Link]

1. Setup_JLinkARM_V396d.zip -> Setup_JLinkARM_V396d.exe (по умолчанию установит в C:\Program Files\SEGGER\JLinkARM_V396d).
2. rdikeygen.exe. Введите Ваш J-Link serial (можно узнать через Пуск -> J-Link RDI Config -> License -> Display serial number, отобразится серийный номер наподобие 11111117). После ввода серийного номера нажмите кнопку Generate. Сгенерируются лицензии RDI, FlashBP, FlashDownload, J-Flash.
3. Пуск -> J-Link RDI Config -> License -> Add license. Добавить лицензии, сгенерированные в п. 2. Добавятся лицензии для фич (Feature) RDI, FlashBP, FlashDL, JFlash.
4. Чтобы использовать драйвера RDI для отладки, зайдите в свойства проекта, перейдите в раздел Debugger -> Setup и установите RDI в выпадающем списке Driver. В разделе Debugger -> RDI путь Manufacturer RDI driver должен указывать на реально существующий путь и DLL (например C:\Program Files\SEGGER\JLinkARM_V396d\JLinkRDI.dll).

[UPD120331]

В состав пакета IAR Embedded Workbench 550.1 for ARM уже имеются драйвера JLink, и они прекрасно подходят и для MT-Link. Поэтому теперь не нужно заморачиваться с установками лицензий для отладчика, и драйвера RDI уже не нужны, нужно установить только драйвер J-Link.

Драйвер JLink можно найти в каталоге установленного IAR Embedded Workbench 550.1 for ARM, см. папку c:\Program Files\IAR Systems\Embedded Workbench 5.4\arm\drivers\Jlink. Запустите имеющийся там исполняемый файл InstallDrivers.exe, и подключите J-Link (или MT-Link) через USB. Устройство автоматически обнаружится в системе, и установится в разделе "Контроллеры универсальной последовательной шины USB".

[UPD170529]

MT-Link с IAR 6.50 уже не работает по лицензионным ограничениям - программа определяет, что JTAG пиратский. Китайский JLINK v8 работает без проблем.

[Ссылки]

1. Установка IAR Embedded Workbench 550.1 for ARM.
2. 121128J-Link-MT-LINK-RDI-drivers.zip - драйверы J-Link (MT-Link), RDI.