Запустите x-terminal-emulator горячей клавишей Ctrl+Shift+t. Выберите настройки (в правом верхнем углу кнопка с тремя горизонтальными черточками -> Preferences). 

В текущем профиле (Profiles -> Unnamed) перейдите на закладку Scrolling. Поменяйте количество строк в буфере настройкой "Limit scrollback to:".

[Ссылки]

1. Buffersize when using x-terminal-emulator site:superuser.com.