По мере использования контейнеров docker катастрофически испаряется место на жестких дисках. Поэтому нужно периодически чистить базу данных docker, которая находится в папке /var/lib/docker/overlay2.

Для безопасной очистки есть команда docker system prune -a (см. также docker system prune --help):

$ docker system prune -a
WARNING! This will remove:
  - all stopped containers
  - all networks not used by at least one container
  - all images without at least one container associated to them
  - all build cache

Are you sure you want to continue? [y/N]

Обратите внимание: команда предупреждает, что уничтожит остановленные контейнеры, так что будьте внимательны, если постоянно пользуетесь определенными контейнерами. Если вам нужно сохранить данные определенного контейнера, то перед запуском команды docker system prune -a запустите этот контейнер командой docker start имя_контейнера.

$ docker start 241125rb
241125rb
$ docker system prune -a
WARNING! This will remove:
  - all stopped containers
  - all networks not used by at least one container
  - all images without at least one container associated to them
  - all build cache

Are you sure you want to continue? [y/N] y
Deleted Containers:
cb77a36ad8342d18a4c1436bcb3f4cadc9690bfa0a82dbdfd3e92a9fb2d4a185
a20af5bdf230f13a6bcf5924e2ffef0a2f56028838f0c2a71f77d0e3be5a1be6

Deleted Images:
untagged: ubuntu:latest
untagged: ubuntu@sha256:278628f08d4979fb9af9ead44277dbc9c92c2465922310916ad0c46ec9999295
untagged: router:latest
untagged: 241122mongodb:latest
deleted: sha256:6c4c9c2bb07c1d26b6746e24438c1cc3077af2fe2f76ccfecdb564e892c2536c
deleted: sha256:43aac3b1d1000e09efb026c59babb0235242cfceea805faf4c7a721d4b9a5c94
deleted: sha256:fec8bfd95b54439b934c5033dc62d79b946291c327814f2d4df181e1d7536806
deleted: sha256:27123a71e85e0540333291adccf7b9c340d089e8c3717c380d3b75cc8c7df90f
untagged: freeacs/mysql:latest
untagged: freeacs/mysql@sha256:d2546e59e0f87a54e0a1efb27485d9398c20ea8027da95be36d4ced12e1a7482
deleted: sha256:accbf6af47d2de31ef6856f733b13074deb4f8e5bd149e3050dc02dcc9a5a121
deleted: sha256:5784691001cb33d7f26c1cecd52b5ad2da10cdb936102e8c653aa6b5d8ae96ce
deleted: sha256:e9c412a402e6faebfe6e5ac6b9bdfefb35b1e9cf661f00ba4e5eb2a4043c189e
deleted: sha256:79c3d4dede371318190b94067ae39e6f16bbbfedf19a759205414adcc77156b8
deleted: sha256:f82e3ded12e7efab77cc64c0ec48180cef2a4f22b31f186293c60de763e827fd
deleted: sha256:ab956f82db2dc7a3641ebdb886fb502b0ac6b753b68c5998e5c97270559f69c6
deleted: sha256:1fdd766ce87723faac5662bd4ce284cc9cc8b4c67924bc4bae434c570fab5230
deleted: sha256:a87355deaf43bbcbdd5b327f648efb9b78b3dc200ee26c6dcba5b7af3c332c82
deleted: sha256:43b78ee3dc32f0e71e925e102352f37e30ff9ce27bdc67a08b212cf479137103
deleted: sha256:967d17a78fd391f71b194dd620ce7716b3e8ce6df129a8248066979943ef9c50
deleted: sha256:729b12ddd1001a62e9a42581a1a74eddef9b9a9290a1d2273e0e88ff5b36243e
deleted: sha256:648685f423fc4b18878a23044a2d7ac54c4c9b76801c33fd70a4b0f9fae7a210
deleted: sha256:142a601d97936307e75220c35dde0348971a9584c21e7cb42e1f7004005432ab
untagged: hello-world:latest
untagged: hello-world@sha256:91fb4b041da273d5a3273b6d587d62d518300a6ad268b28628f74997b93171b2
deleted: sha256:d2c94e258dcb3c5ac2798d32e1249e42ef01cba4841c2234249495f87264ac5a
deleted: sha256:ac28800ec8bb38d5c35b49d45a6ac4777544941199075dff8c4eb63e093aa81e

Deleted build cache objects:
4po9g0jy4nvl1j9n6rvmwsg9p
cbzjc1vrqvjesc02wjxu28fsi
m2450f33s7nt7qbjsn0ogewt0
xbn251xtswh9ayx6vyzjgitwz
hqyu245x8cwl6eky1t7fukftr
wesgqqrvtmhtjnqfm3xd7ouff
57j2bhypqtex7p3vz00z93n5m
x6o5c5j9o7b0x7kw6w2uomc0w
0ln1b82ipq0rzkhkd2znv9ro0
x7wn5403cy6jgeqstpvtjx2ie
h88ytc9gw6wyjdauq7ymkdtku
vcq4g9ha042oku9m5yek4q6pz

Total reclaimed space: 33.57GB

[Ссылки]

1. Is it safe to clean docker/overlay2/ site:stackoverflow.com.
2. docker: часто используемые команды.