Все нижесказанное относится к версии AVR Studio 4.xx. Пятую версию пока не пробовал, изменений там много, по крайней мере внешне (AVR Studio 5.xx выполнена на основе интерфейса Visual Studio от Microsoft).

[Чем AVR Studio хуже IAR Embedded Workbench?]

1. В текстовом редакторе нет функции autocomplete для известных имен переменных (хотя у IAR это тоже работает не ахти как хорошо).
2. Нет встроенного help по функциям и библиотекам.
3. Нельзя запретить очистку памяти EEPROM при запуске отладки. Кстати, это полуправда, потому что отключить очистку можно, но как это сделать - совсем неочевидно. Лишь недавно разобрался с этой проблемой, см. статью [1].
4. Нет подсветки скобок блоков в редакторе кода.
5. Нет удобной навигации по именам подпрограмм, переменных и макросов (Go to definition of ...).

[Чем AVR Studio лучше IAR Embedded Workbench?]

1. AVR Studio бесплатна.
2. Есть очень удобный I/O View, показывающий ресурсы процессора и их назначение.

Вывод: в своем инструментарии нужно обязательно иметь оба этих продукта.

[Ссылки]

1. Как сделать, чтобы в AVR Studio не портилась EEPROM при старте отладки.
2. IDE, ASF: интегрированные средства разработки.