Все, что Вам нужно настроить - просто скопировать текст ниже и вставить в файл "/arduino-####/hardware/arduino/boards.txt".

usnoobie.name=USnooBie (USBaspLoader ATmega328P at 12MHz)
usnoobie.upload.protocol=usbasp
usnoobie.upload.maximum_size=28672
usnoobie.upload.speed=115200
usnoobie.upload.disable_flushing=true
usnoobie.bootloader.low_fuses=0xFF
usnoobie.bootloader.high_fuses=0xD8
usnoobie.bootloader.extended_fuses=0xFF
usnoobie.bootloader.path=usnoobie
usnoobie.bootloader.file=usnoobie_atmega328p_12mhz.hex
usnoobie.bootloader.unlock_bits=0x3F
usnoobie.bootloader.lock_bits=0x0F
usnoobie.build.mcu=atmega328p
usnoobie.build.f_cpu=12000000L
usnoobie.build.core=arduino
usnoobie.build.variant=standard

Затем просто выберите плату USnooBie в меню среды разработки Arduino IDE.

Для выгрузки скетча (скомпилированный код проекта) в память микроконтроллера USnooBie (ATmega328P) просто активизируйте бутлоадер (удерживая на плате кнопку активизации бутлоадера BOOT, нажмите и отпустите кнопку сброса RST, см. руководство по использованию [1]) и в среде Arduino щелкните на кнопку "Upload".

Чтобы знать, какая ножка микроконтроллера для чего используется, см. на рисунке назначение ножек ATmega328P (цоколевка совпадает с ATmega168).

Можно ли использовать PORTD2 или PORTD7? Помните, что 2 ножки используются для сигналов D+ и D- интерфейса USB, для чего задействованы порты PORTD2 (ножка 4) и PORTD7 (ножка 13) соответственно, см. схему USnooBie [2]. Использование этих ножек приведет к тому, что интерфейс USB перестанет работать.

[Ссылки]

1. USnooBie: руководство по использованию.
2. USnooBie: простой набор разработчика устройств USB на AVR.