%windir%\system32\r_server.exe /setup

После смены установок программа потребует перезагрузиться, хотя достаточно наверняка будет просто перезапустить службу Remote Administrator Service (r_server).

См. также хорошую доку из онлайного журнала "Хакер" (как удалить иконку в трее у клиента, сигнализирующую об событии подключения, и др.).